Wird vom jeweils auf dem Computer eingesetzten Betriebssystem beim Formatieren eines Datenträgers (Festplatte, CD-ROM, Diskette usw.) festgelegt und bestimmt, wie die dort angelegten Dateien und Ordner organisiert und verwaltet werden. Dabei wird deren Lage und Aufteilung in der so genannten FAT registriert. In der Regel sind die verschiedenen Dateisysteme nicht zueinander kompatibel, wobei jedoch manche Betriebssysteme mehrere unterschiedliche Dateisysteme unterstützen. Im Wesentlichen unterscheiden sich die jeweiligen Dateisysteme durch eine mehr oder weniger effektive Nutzung des Speicherplatzes auf den Datenträgern sowie durch zusätzliche bzw. fehlende Sicherheitsfunktionen.